El departamento encargado de NiCo vela por la logística, eficacia y eficiencia del programa. En coordinador trabaja junto con tutores, voluntarios y traductores para asegurar mejores prácticas en cada área así como también verifica el desarrollo y mejora de cada niño amparado por el programa. El departamento analiza cada área de los niños individualmente para garantizar una intervención específica y enfocada en las debilidades y dificultades del infante.
Los Servicios Profesionales de Apoyo Infantil (SPAI) nos garantiza una atención profesional en el área psicológica para el niño. El departamento asigna psicólogos a las instituciones con necesidad de uno, estos pueden ser escuelas, centros de cuidado alternativo (Orfanatos) al igual que nuestros programas como NiCo y el pilotaje de las familias de protección temporal. SPAI tiene como objetivo cuidar el área emocional del niño asegurando un crecimiento saludable.
El departamento de Misiones se encarga de coordinar los viajes y actividades de cada grupo misionero visitante. Así mismo se encarga de velar por el buen uso del presupuesto en cada viaje, planificar las actividades realizadas por los misioneros así como también crear los itinerarios para asegurar un buen uso del tiempo.